上一部结尾,尼奥(基奴李维斯 饰)终于意识到自己的能力和使命,中弹复活后,变成了无所不能的“救世主”,他和女友崔妮蒂(凯莉·安·摩丝 饰),舰长墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 饰)回到了人类的基地锡安,受到人们的热烈欢迎。 此时,“母体”决定先下手为强,派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地;墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”,寻找“制钥者”,准备从内部破坏;而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题,脱离了“母体”的控制,拥有可怕的复制能力,阻碍尼奥他们的行动。
西元前八千年的北非,夜里有个部族跳舞狂欢,庆祝打猎丰收在他们就寝后,强烈的暴风袭卷这整个村落,村人纷纷走避耀眼的闪电,只有一名年轻的男孩走向它,最后消失在光源里。一九二八年的埃及,数百名阿拉伯人在沙里挖掘,挖出六座写满古埃及象形文字的石碑,没有人知道它们的用途和来源。这时,又有人挖出一个巨大的环状物,称为「星门」。到了现代的洛夏矶,埃及学家丹它尔发现了「星门」的秘密,他与欧尼尔上校的部队,搭乘「星门」前往距地球数百万光年的奇异星球。
一个运气不佳的自行车手迈尔斯某天偶然发现一只先进、机器、军用的机器狗A.X.L.,其心脏是真狗的心脏,其他部位装备新一代人工智能。迈尔斯和AXL在日常交往中逐渐增进感情,而无赖军事科学家要不顾一切将AXL捉回,迈尔斯与他的梦中情人、足智多谋莎拉组队,为保护他的新朋友,踏上了一段史诗般的冒险旅程。
十三,一个听起来就有些阴冷的数字。在一座大厦的第十三层,科学家道格拉斯?霍尔(克雷戈?比克饰)和汉农?富勒(阿明?缪勒-斯塔尔饰)用电脑模拟出一个逼真的1937年的洛杉矶,他们可以通过电脑进入这个虚拟世界,真实地体验1937年的生活与自己。然而一个夜里,富勒被人杀死,种种线索都表明似乎是霍尔所为。可霍尔却对当天夜里的事情全无记忆。这时一个自称是富勒女儿的女人又神秘出现,可霍尔从未听富勒说过自己有女儿……为了找到凶手明晓真相,霍尔循着富勒留下的线索来到虚拟世界中,他离真相越来越近了……近到窒息……